El río Fortalecillas nace en estribaciones de la cordillera oriental en la zona nororiental del departamento del Huila, en inmediaciones de los municipios de Neiva, Tello y el departamento del Caquetá. Los territorios presentan características de Bosque subandino (entre los 1.000 y 2000 msnm) y de Bosque andino (entre los 2.000 y los 2.700 msnm). Antes de la colonización española estos territorios de la cordillera oriental seguramente habrían estado dominados por bosques de cedros, robles, quinas, cauchos, carisecos y encenillos adornados con diferentes especies de orquídeas, quiches y bromelias. Después de diferentes etapas de colonización aún quedan algunas hectáreas de bosque que sirven de refugio a especies como el oso de anteojos y diferentes clases de pumas, tigrillos, roedores, insectos y aves, los cuales se han visto amenazados por las intervenciones humanas en su hábitat.

Sobre la cuenca Alta del río Fortalecillas se encuentran los centros poblados de San Antonio de Anaconia y Vegalarga/Anacleto García con 21 veredas circundantes, las cuales se ubican entre los 1.000 y 2.800 msnm sobre el cauce principal del Fortalecillas y la subcuenca del río San Antonio con sus respectivas microcuencas.